Эндоскопия и эндосонография органов пищеварения, особенно эндоскопическая терапия ранних карциномы пищевода, желудка, толстой и прямой кишки и заболеваний желчного пузыря, желчных протоков и поджелудочной железы.
Эндоскопическая терапия нарушений моторики пищевода и желудка, особенно ахалазии и нарушений опорожнения желудка. Медикаментозная терапия всех злокачественных заболеваний органов пищеварения.

Проф. Шепп учился с 1975 по 1981 год в Университете Фридриха Вильгельма в Бонне. 1981–1982 гг. – работал научным сотрудником Немецкого исследовательского фонда в Институте фармакологии Тюбингенского университета. С 1983 по 1984 год прошел повышение квалификации в качестве терапевта в медицинской поликлинике Боннского университета, затем в клинике Мюнхенского технического университета (Рехтс дер Изар). Там он защитил докторскую работу в 1988 году.

После научной стажировки в 1989 году в Калифорнийском университете в Лос-Анджелесе Шепп вернулся в клинику Мюнхенского технического университета. Получив признание гастроэнтеролога, в 1990 году он был назначен главврачом клиники Технического университета Мюнхена. В 1993 году он был назначен профессором кафедры медицинского факультета, а в 1997 году стал профессором гастроэнтерологии.

В 1997 году он возглавил клинику гастроэнтерологии, гепатологии и гастроэнтерологической онкологии в клинике Богенхаузен (академическая учебная больница мюнхенского технического университета). С 2002 по 2006 год Шепп был медицинским директором клиники. С 2007 по 2021 год он возглавлял сертифицированный центр рака толстой кишки, а затем сертифицированный центр висцеральной онкологии Немецкого онкологического общества при мюнхенской клинике Богенхаузен.

С 1 июля 2021 года Шепп работает старшим консультантом в клинике гастроэнтерологии, гепатологии и гастроэнтерологической онкологии мюнхенской клиники Богенхаузен, которую он ранее возглавлял. С 2022 года он является техническим экспертом вице-онкологических центров Немецкого онкологического общества. Шепп проводит исследования кислотно ассоциированных заболеваний верхних отделов желудочно-кишечного тракта, хеликобактерного гастрита и злокачественных заболеваний желудочно-кишечного тракта.